An Introduction to Rule-based Modeling of Immune Receptor Signaling

Cells process external and internal signals through chemical interactions. Cells that constitute the immune system (e.g., antigen presenting cell, T-cell, B-cell, mast cell) can have different functions (e.g., adaptive memory, inflammatory response) depending on the type and number of receptor molecules on the cell surface and the specific intracellular signaling pathways activated by those receptors. Explicitly modeling and simulating kinetic interactions between molecules allows us to pose questions about the dynamics of a signaling network under various conditions. However, the application of chemical kinetics to biochemical signaling systems has been limited by the complexity of the systems under consideration. Rule-based modeling (BioNetGen, Kappa, Simmune, PySB) is an approach to address this complexity. In this chapter, by application to the Fc$\varepsilon$RI receptor system, we will explore the origins of complexity in macromolecular interactions, show how rule-based modeling can be used to address complexity, and demonstrate how to build a model in the BioNetGen framework. Open source BioNetGen software and documentation are available at http://bionetgen.org.Comment: 5 figure

LAPORAN INDIVIDU PRAKTIK PENGALAMAN LAPANGAN ( PPL ) SMP NEGERI 2 MUNTILAN

Program PPL merupakan salah satu mata kuliah wajib tempuh, setelah mengambil mata kuliah lainnya yang berkaitan dengan PPL. Tujuan yang ingin dicapai adalah mengembangkan kompetensi mahasiswa sebagai calon pendidik atau tenaga kependidikan dan merupakan penerapan ilmu yang didapat dari perkuliahan maupun diluar perkuliahan, sehingga mampu mengembangkan potensi diri atau pengalaman mengajar secara real teaching di lingkungan sekolah. Kegiatan PPL di SMP Negeri 2 Muntilan merupakan salah satu kesempatan bagi mahasiswa khususnya mahasiswa jurusan kependidikan dalam menerapkan ilmu yang telah diperoleh di bangku kuliah untuk diterapkan secara nyata di lingkungan sekolah. Praktik Pengalaman Lapangan (PPL) bertujuan untuk melatih mahasiswa dalam menerapkan kemampuan mengajar materi baik apresiasi maupun ekspresi yang telah diperoleh selama perkuliahan. Program PPL di SMP Negeri 2 Muntilan, dilaksanakan pada tanggal 10 Agustus 2015 sampai dengan 12 September 2015. Dalam kegiatan PPL, praktikan mendapatkan kesempatan untuk mengikuti kegiatan rutin apel pagi; mengikuti kegiatan menyanyikan lagu nasional; praktek mengajar di kelas VII A, VII B, dan VII C; dan ikut melaksanakan program 5S. Selain praktik mengajar praktikan juga membuat perangkat pembelajaran yang terdiri dari: RPP/pertemuan, media pembelajaran, dan evaluasi. Dalam kegiatan praktik mengajar di Sekolah, secara langsung praktikan dibimbing oleh guru pembimbing. Dengan adanya pengalaman tentang penyelenggaraan sekolah ini diharapkan praktikan mempunyai bekal untuk menjadi tenaga pendidik yang profesional. Hasil dari pelaksanaan PPL ini adalah terlaksananya kegiatan pembelajaran sesuai dengan apa yang direncanakan di awal pembelajaran. Dalam melaksanakan kegiatan PPL, praktikan berusaha sebaik mungkin dalam menjalankan tugas dan berusaha menjalin kerjasama dengan semua pihak yang terkait demi kelancaran proses PPL tersebut

Peningkatan Kemampuan Analisis terhadap Kebijakan Publik melalui Model Pembelajaran Portofolio pada Mata Kuliah Konsep Dasar Pkn

Portofolio based learning was used in this study as a way to help the students in PGSD improving analysis ability of public policy. This model consist of six steps activities that involve students on learning process about what is public policy, how to identify public policy, and then working step by step try to suggest the new one to the government. This research was a classroom action research. The research design employed a spiral model developed by Kemmis & Taggart. The research was conducted in PGSD FIP UNY and the research subjects were all students in the first semester at class B. The data were collected through observations, field notes, interviews, documents, and tests. The data were analyzed by qualitative data reduction, simplification, classification (narrative description), present them using tables and diagrams, and interpret relation of the variable. The research results in two cycles of action research managed showed that the used of portofolio based learning could improve analysis ability of public policy. There was significant improvement reached by the student, such as distinguish between fact and opinion, identifying prominent and proponent information, explaining the connection of information sources, summarize someone opinion, and connecting conclusion with supporting expression

Peran Ma Ta Pelajaran Pkn SD Seba Gai W Ahana Pendidikan Hukum Bagi Anak

It is necessary lo grow the awareness that there is norm that controland guide individual behavior in social life since childhood Civiceducation is a subject in elementary school that is closely related tolaw and civic. This subject is expected to help students to be awareof law and conslilulion.Law related education in school is supposed lo be in/ended forhelping studenls gain knowledge and skill necesswy so thal lhey caneffectively participale in law organizalions. Law education inelemenlary school cannot be alienated from student's moraldevelopmenl. Law education learning model in elementary schoolshould be atfjusted lo children's thinking ability and moraldevelopmenl

Peningkatan Kreativitas Calon Guru Dalam Pembuatan Media Berbasis Ict Melalui Project Based Learning Pada Mata Kuliah Pengembangan Pembelajaran IPS SD

Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan penggunaaan project based learning dalam perkuliahan Pengembangan Pembelajaran IPS SD untuk meningkatkan kreativitas calon guru dalam pembuatan media berbasis ICT. Penelitian ini merupakan penelitian tindakan kelas. Subjek penelitian adalah mahasiswa kelas VIA, yang berjumlah 38 orang. Data dikumpulkan dengan menggunakan lembar observasi. Analisis data dilakukan secara deskriptif dan disajikan dalam bentuk tabel dan diagram. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan project based learning dapat meningkatkan kreativitas mahasiswa dalam membuat media pembelajaran berbasis ICT. Tahapannya yang dimulai dengan start with the essential question, design a plan for a project, create a schedule, monitor the student and the progress of the project, asses the outcome sampai evaluate the experience yang diterapkan selama 8 kali pertemuan dapat meningkatkan kreativitas mahasiswa berdasarkan tujuh aspek yang diukur, yaitu (1) memiliki rasa ingin tahu yang besar, (2) memberikan banyak gagasan dan usul terhadap suatu masalah, (3) menyatakan pendapat secara spontan dan tidak malu- malu, (4) memberikan banyak gagasan dan usul terhadap suatu masalah, (5) mencoba hal-hal baru, (6) mempunyai pendapat sendiri dan dapat mengungkapkannya, dan (7) mengembangkan atau merinci suatu gagasan. Dengan demikian, hipotesis tindakan yang diajukan dalam penelitian ini terbukti

Settlements of Rigid Rectangular Footings on Layered Soils

Solutions to calculate the settlement of footings resting on a semi-infinite or finite soil layer are readily \ud available in the literature. Whitman and Richart (1967) proposed the vertical settlement factors for rigid \ud rectangular footing resting on a semi-infinite layer of soil. The equation takes into consideration the \ud aspect ratio, defined as ratio of length to width, L/B, of the footing through a parameter ‘βz’. Sovinc (1969) proposed the settlement factors for a rectangular footing on a finite layer of homogeneous soil underlain by a rigid base. He also considered the effect of L/B on the settlement of the footing. However, Sovinc’s solution is given only for one Poisson’s ratio value equal to 0.5

Emergence of the stochastic resonance in glow discharge plasma

stochastic resonance, glow discharge plasma, excitable medium, absolute mean differenceComment: St